最早记载的人的手印和脚印大约在4000年前古埃及建造金字塔的年代。中国人曾经在官方文件上按自己的指纹，公元前300年前的按有指纹的文件现在还存在，直到最近这种签名方式仍然被采用.HenryFaulds在19世纪末20世纪初促进了指纹的研究和发展，1880年他首先发现了至今仍被承认的指纹的两个重要特征:一是任何两个不同手指的指纹脊线的式样((ridgepattern)不同，二是指纹脊线的式样在人的一生中不会改变。这一发现莫定了现代指纹识别技术的理论基础，也使得指纹识别在罪犯鉴定中得到应用。1892年，FrancisGalton对指纹进行了准确、深入的科学研究，并尝试建立一个指纹分类系统以便于处理大最的指纹，这些工作成为现代指纹科学的基础，但是他的分类方法对于实际应用来说，还是不够的。1899年，EdwardHenry学习了Galton的指纹科学，建立了著名的“HenrySystem”用于指纹分类。在20世纪早期，司法部门已经正式采用指纹作为有效的身份标记，一些指纹识别机构建立了世界范围的罪犯指纹档案库。
20世纪60年代，美国FBI(FederalBureauofInvestigation)的英国总部开始着手开展基于指纹的自动生物特征识别研究工作；70年代，美国政府委派ScandiaLabs调查各种生物识别技术，结论是指纹识别技术是最具潜力和准确率最高的识别技术。这项调查使得大量研究和开发工作集中到指纹识别算法和系统集成上来；80年代，个人电脑、光学扫描这两项技术的革新，使得它们作为指纹取像的工具成为现实，从而使指纹识别可以应用于其他需要进行身份识别的领域；90年代后期，电容传感器等廉价取像设备的引入及其飞速发展，更使指纹识别系统的体积和价格得以大幅度减低，加上较先进的识别算法的提出，为个人身份识别应用的增长提供了较好的技术基础。
很多国家都有公司或专门机构从事自动指纹识别技术的研究，美国在这一领域的研究水平处于世界最前沿.其中著名的公司有:法国Morph，立陶宛Neurotenologija，日本NEC，美国IBM、Identificator。科研机构有美国国家标准局视觉图像处理研究组(NISTVisualImageProcessingGroup)，美国密歇根州立大学的模式识别与图像处理研究室、意大利Bologna大学生物特征识别系统实验室、新加坡南洋理工大学信号处理中心等。国内在指纹识别领域也作了很多的研究，主要研究机构有中科院自动化所、北京大学、北京邮电大学等，但与国际最好的指纹识别系统相比还存在一定的差距。
由于社会对指纹识别有着日益迫切的需求以及指纹识别领域仍然存在许多难题，近年来指纹识别研究十分活跃，与指纹识别有关的国内外活动有国际指纹验证比赛FVC、国际生物认证会议ICBA、中国的生物识别学术会议CCBR，国际模式识别会议ICPR等。
